Accanto ai fenomeni carsici superficiali è imponente nella regione la presenza di grotte carsiche, alcune di queste furono frequentate per culti misterici (grotta della poesia a San Foca) e poi trasformate, con l'avvento del cristianesimo in luoghi di culto cristiani: grotta dell'Angelo a Montesantangelo.

Dal santuario garganico (V secolo d.C.) il culto micaelico si diffuse nella regione sostituendosi negli antichi luoghi di culto pagani. Il culto si diffuse soprattutto all'interno della regione, in particolare sull'asse murgiano e delle gravine prediligendo caverne naturali in cui scorreva l'"acqua risanatrice" (chiesa grotta di san Michele a Gravina; chiesa grotta dell'Angelo a Ceglie Messapica; chiesa grotta dell'Angelo a Santeramo; chiesa grotta di san Michele a Putignano).

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