L'habitat rupestre si è sviluppato in Puglia grazie alle caratteristiche del suolo.

Il basamento della regione è formato da calcari affioranti o nascosti sotto rocce del terziario e sedimenti del quaternario. Verso la fine del Cretaceo emersero dal mare le rocce calcaree sulle quali l'azione delle acque di scorrimento superficiale, ed il loro infiltrarsi nel sottosuolo, origineranno i primi fenomeni carsici.

Durante il periodo del mare Pliocenico i sedimenti marini andranno a formare calcari a briozoi e calcareniti sul Gargano, i tufi delle Murge, le calcareniti del Salento.

Nel Pleistocene si avrà il definitivo sollevamento della regione. L'acqua meteorica incidendo le rocce di nuova formazione andrà a creare il paesaggio delle lame e delle gravine tipico della regione.

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